منذ الساعات الأولى لحرب صدام ضد إيران ، لعب آية الله الخامنئي دوره فعّالاً في التخطيط لقضايا الحرب. في الأيام الأولى من الحرب، بعد بدء الهجوم على إيران، عندما كان من المقرر أن يذهب شخص ما إلى ساحة المعركة للتحقيق في القضية، أول من وافق على المقترح، كان هو آية الله خامنئي. كما شارك في عدة عمليات عسكرية أو التخطيط لها. كان دعم وتزويد الجيش بالأسلحة والاحتياجات اللوجستية من بين أنشطته في ساحة المعركة.